Publications

Ici, vous trouverez mes publications scientifiques, ainsi que des contenus de formation et des projets personnels.

Publications scientifiques

Floc’hlay, Swann, Ramya Balaji, Dimitrije Stanković, et al. 2023. “Shared Enhancer Gene Regulatory Networks Between Wound and Oncogenic Programs.” eLife 12 (May): e81173. https://doi.org/10.7554/eLife.81173.

Floc’hlay, Swann, Maria Dolores Molina, Céline Hernandez, et al. 2020. “Deciphering and Modelling the TGF-β Signalling Interplays Specifying the Dorsal-Ventral Axis of the Sea Urchin Embryo.” Development, January, dev.189944. https://doi.org/10.1242/dev.189944.

Floc’hlay, Swann, Emily S. Wong, Bingqing Zhao, et al. 2021. “Cis-Acting Variation Is Common Across Regulatory Layers but Is Often Buffered During Embryonic Development.” Genome Research 31 (2): 211–24. https://doi.org/10.1101/gr.266338.120.

Formation et vulgarisation

Les frictions de la cohabitation R-Excel

Présentation de l’application {migres} pour faciliter le traitement des jeux de données Insee volumineux.

Présenté aux Rencontres R 2025

Prix de la meilleure présentation courte

R avancé et introduction à Git

Contenu de la formation dispensée en 2026 aux étudiants du Master Économétrie appliquée de l’IAE Nantes, adapté de R. Nedellec.

Code sur GitHub

Site web déployée avec GitHub Pages

Dompter son namespace avec un zeste de suggest

Article de blog sur Rtask

Présenté aux Rencontres R 2024

Mentionné dans le podcast R weekly

Projets open-source

{millefeuille} : un package python pour les coordonnées génomiques

J’ai développé ce package pour faciliter la conversion de coordonnées génomiques lors de ma thèse. Initialement écrit en R, je l’ai plus récemment converti en python et ajouté une architecture de test unitaire complète.

Code sur GitHub

{migres} : une application pour faciliter l’analyse de jeux de données Insee

Cette application permet de manipuler les données à haute volumétrie de migrations résidentielles à partir d’un fichier parquet, et sans connaissances préalables de code.

Code sur GitHub

Application déployée avec ShinyApps

{abloc} : une application Python + Shiny pour le calcul de consommation d’air

J’ai développé ce package pour mon activité d’encadrante de plongée sous-marine en club. Cette application permet d’illustrer la relation entre la quantité d’air consommé et la profondeur d’évolution du plongeur.

Code sur GitHub

Application déployée avec ShinyApps

{lurex} : une application R + Shiny pour les regex

Cette application permet de construire une regex depuis un module de sélection interactive. J’ai développé cette application comme une première approche ludique des expressions régulières. Je l’ai utilisé comme support pour tester le déploiement en Wasm.

Code sur GitHub

Application déployée avec WebR et ShinyLive